Административным центром муниципального образования "Можайский муниципальный округ" является город Можайск.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав округа административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Борисовское, сп. Бородинское, сп. Горетовское, сп. Дровнинское, сп. Замошинское, сп. Клементьевское, сп. Порецкое, сп. Спутник, гп. Уваровка, сп. Юрловское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Можайские земли впервы упомянуты в летописи под 1231 годом, однако многочисленные археологические памятники - городища, стоянки, курганы - свидетельствуют о том, что окрестности современного Можайска были заселены уже в эпоху неолита. Недалеко от Можайска, близ села Бородино, произошло генеральное сражение между русскими и французскими войсками во время Отечественной войны 1812 года. Можайский район как административно-территориальная единица был образован 12 июля 1929 года в составе Московского округа Московской области. В состав района вошли город Можайск и ряд сельсоветов бывшего Можайского уезда Московской губернии: из Борисовской волости: Борисовский, Коровинский, Сивковский, Судаковский; из Бородинской волости: Бородинский, Валуевский, Горячкинский, Ельнинский, Ковалевский, Семеновский, Старосельский, Юдинский; из Верейской волости: Пушкинский, Шаликовский; из Глазовской волости: Аксановский, Антоновский, Бычковский, Глазовский, Горетовский, Збышковский, Мышкинский, Перещаповский, Поздняковский, Поминовский, Троицкий; из Елмановской волости: Архангельский, Ваулинский, Гальчинский, Губинский, Крюковский, Кутловский, Марьинский, Сокольниковский, Шустиковский, Юрловский; из Карачаровской волости: Андреевский, Карачаровский, Копцовский, Милятинский, Хатанковский; из Клементьевской волости: Клементьевский, Макаровский, Пуршевский, Ратчинский, Холмский; из Кукаринской волости: Александровский, Вяземский, Гавшинский, Ильинский, Колычевский, Криушинский, Кукаринский, Новосуринский, Отяковский, Рыльковский, Соколовский, Тесовский, Тетеринский, Ченцовский, Ямской; из Щелковской волости: Облянищевский. 20 мая 1930 года из Можайского района в Верейский район были переданы Архангельский, Крюковский и Шустиковский с/с. 1 апреля 1931 года был упразднён Гальчинский с/с. Вскоре был упразднён Андреевский с/с. 5 апреля 1936 года были упразднены Антоновский, Бычковский, Гавшинский, Ельнинский, Збышковский, Ильинский, Ковалевский, Колычевский, Копцевский, Коровинский, Макаровский, Ратчинский, Рыльковский, Соколовский и Старосельский с/с. Судаковский с/с был переименован в Андреевский. В 1938 году Холмский с/с был переименован в Макаровский. 4 января 1939 года в новый Осташёвский район были переданы Карачаровский и Хатанковский с/с. 17 июля были упразднены Горетовский, Облянищевский и Пушкинский с/с. 16 января 1941 года из Рузского района в Можайский был передан Настасьинский с/с (селения Васюково, Маклаково, Настасьино). 15 февраля 1952 года был упразднён Семёновский с/с. 14 июня 1954 года были упразднены Александровский, Валуевский, Вяземский, Горячкинский, Губинский, Криушинский, Макаровский, Марьинский, Новосуринский, Отяковский, Перещаповский, Поздняковский, Поминовский, Пуршевский, Тетеринский, Троицкий, Ченцовский и Юдинский с/с. Образованы Красноиншинский, Павлищевский и Чертановский с/с. 7 декабря 1957 года из упразднённого Осташёвского района в Можайский район был передан Болычевский с/с, но уже 31 декабря он был передан в Волоколамский район. 7 августа 1958 года был образован Поздняковский с/с. Одновременно были упразднены Андреевский, Красноиншинский, Милятинский, Мышкинский, Настасьинский (территория (селения Васюково, Маклаково и Настасьино) передана в Клементьевский с/с) и Шаликовский с/с. Чертановский с/с был переименован в Кожуховский. 21 мая 1959 года были упразднены Аксановский и Тесовский с/с. 3 июня был упразднён Уваровский район. Из его состава в Можайский район вошли рабочий посёлок Уваровка и сельсоветы: Астафьевский, Бурмакинский, Вешковский, Горбуновский, Дегтярёвский, Дровнинский, Замошинский, Ивакинский, Колоцкий, Некрасовский, Нововасильевский, Новопокровский, Порецкий, Преснецовский, Синичинский, Слащевский и Хващевский. 8 августа были упразднены Бурмакинский, Горбуновский, Ивакинский, Колоцкий, Некрасовский и Сокольниковский с/с. Кутловский с/с был переименован в Губинский, Слащевский с/с - в Семеновский. 20 августа 1960 года были упразднены Дегтярёвский, Павлищевский, Поздняковский и Сивковский с/с. 31 июля 1962 года были упразднены Астафьевский и Преснецовский с/с. Образован Колоцкий с/с. 1 февраля 1963 года город Можайск отнесён к категории городов областного подчинения. 1 февраля 1963 года вместо Можайского района был образован Можайский укрупнённый сельский район. При этом рабочий посёлок Уваровка передан в подчинение Можайску, а все сельсоветы - в Можайский сельский район. 13 января 1965 года Можайский сельский район преобразован в Можайский район. В его состав вошли рабочий посёлок Уваровка и сельсоветы Борисовский, Бородинский, Ваулинский, Глазовский, Губинский, Дровнинский, Замошинский, Клементьевский, Кожуховский, Колоцкий, Кукаринский, Нововасильевский, Порецкий, Семёновский, Синичинский, Хващевский, Юрловский и Ямской. 24 октября 1973 года был упразднён Нововасильевский с/с. Образован Павлищевский с/с. 30 октября 1986 года был упразднён Хващевский с/с. 3 февраля 1994 года сельсоветы были преобразованы в сельские округа. 1 февраля 2001 года город Можайск утратил статус города областного подчинения (закон Московской области от 17 января 2001 года №12/2001-ОЗ). В ходе реформы местного самоупраления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Можайский район" создано муниципальное образование "Можайский муниципальный район" и муниципальные образования (городские и сельские поселения) в составе муниципального района. 8 февраля 2018 года муниципальное образование "Можайский муниципальный район" и городские и сельские поселения в его составе были упразднеы и преобразованы в  муниципальное образование "Можайский городской округ". 16 марта 2018 года рабочий посёлок Уваровка отнесён в административное подчинение городу Можайск (постановление губернатора Московской области от 1 марта 2018 года №75-ПГ) и упразднены сельские поселения Борисовское, Бородинское, Горетовское, Дровнинское, Замошинское, Клементьевское, Порецкое, Спутник и Юрловское (постановление губернатора Московской области от 1 марта 2018 года №76-ПГ). 17 марта 2018 года административно-территориальная единица "Можайский район" упразднена и вместо неё образована новая административно-территориальная единица Московской области "город областного подчинения Можайск с административной территорией". С 1 января 2025 года муниципальное образование "Можайский городской округ" упразднено и преобразовано в муниципальное образование "Можайский муниципальный округ".