Деревня Перунь входит в состав муниципального образования "Лидское сельское поселение" Бокситогорского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Деревня Перунь расположена на правом берегу реки Колпь. Впервые упоминается под 1847 годом на на семитопографической карте Новгородской губернмм Вильбрехта. В конце XIX - начале XX века деревня административно относилась к Верховско-Вольской волости 1-го земского участка 3-го стана Устюженского уезда Новгородской губернии. С 1917 по 1927 год деревня входила в состав Советской волости Устюженского уезда Череповецкой губернии. С 1927 года в составе Серебрянского сельсовета Ефимовского района. По данным 1933 года деревня Перунь являлась административным центром Серебрянского сельсовета Ефимовского района, в который входили 3 населённых пункта: деревни Лиственка, Перунь и Серебрянка. С 1965 года в составе Бокситогорского района. По данным 1966 и 1973 годов деревня Перунь также входила в состав Серебрянского сельсовета Бокситогорского района. По данным 1990 года деревня Перунь входила в состав Ольешского сельсовета. В 1997 году - деревня Перунь Ольешской волости. С 1 января 2006 года в соответствии с областным законом №78-оз от 26 октября 2004 года «Об установлении границ и наделении соответствующим статусом муниципального образования Бокситогорский муниципальный район и муниципальных образований в его составе» деревня Перунь вошла в состав муниципального образования "Заборьевское сельское поселение" Бокситогорского муниципального района. Законом Ленинградской области от 2 июня 2014 года №27-оз муниципальное образование "Заборьевское сельское поселение" Бокситогорского муниципального района было упразднено, его территория (и деревня Перунь) вошла в состав вновь созднанного муниципального образования "Лидское сельское поселение" Бокситогорского муниципального района.