Административным центром Нанайского района (нан. Нанайскай райони, Нани райони, Хэдзени боа) является село Троицкое.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Верхненергенкое, сп. село Джари, сп. Дубовомысское, сп. село Иннокентьевка, сп. село Маяк, сп. Найхинское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Нанайский район образован постановлением президиума Дальневосточного краевого исполнительного комитета советов РК и КД от 21 июня 1934 года. В его состав вошли Анюйский, Болонский, Верхненергенский, Вознесенский, Вятский, Дадинский, Джаринский, Джонкинский, Джуенский, Диппинский, Елабужский, Красносельский, Кунский, Курунский, Люксембургский, Малмыжский, Мухинский, Найхинский, Нижнекатарский, Петропавловский, Раздольненский, Сарапульский, Сикачи-Алянский, Синдинский, Славянский, Троицкий, Хунгарийский и Челнинский сельсоветы. В 1935 году Вознесенский, Диппинский, Кунский и Хунгарийский сельсоветы были переданы в Комсомольский район. Петропавловский сельсовет был упразднён. В 1939 году Нанайский район включал сельсоветы Анюйский, Болонский, Верхненергенский, Вятский, Дадинский, Джаринский, Джонкинский, Джуенский, Елабужский, Курунский, Малмыжский, Мухинский, Найхинский, Нижнекатарский, Раздольненский, Сарапульский, Сикачи-Алянский, Синдинский, Славянский, Троицкий и Челнинский. В 1942 году Болоньский сельсовет был передан в Комсомольский район. В 1949 году в составе Нанайского района был образован рабочий посёлок Иннокентьевка. В 1954 году Джуенский сельсовет был передан в Комсомольский район. В 1957 году был упразднён Сарапульский с/с, а Нижнекатарский с/с передан в Хабаровский район (при этом с/с был переименован в Петропавловский). В 1959 году были упразднены Вятский и Малмыжский с/с. В 1960 году был упразднён Мухинский с/с. В 1962 году Сикачи-Алянский с/с был переименован в Малышевский. Образован Верхнеманоминский с/с и рабочий посёлок Троицкое. 30 декабря 1962 года Нанайский район был упразднён, а его территория разделена между Хабаровским сельским районом и Амурским промышленным районом. 6 августа 1964 года Нанайский район был восстановлен. В его состав вошли из Амурского района: Анюйский и Верхнеманоминский с/с; из Комсомольского района: рп. Троицкое; Болоньский, Верхненергенский, Дадинский, Джаринский, Курунский, Найхинский, Раздольненский и Славянский с/с; из Хабаровского района: Синдинский с/с. В 1965 году из Амурского района в Нанайский были переданы Джонкинский сельсовет и рабочий посёлок Иннокентьевка. В 1967 году образован Гассинский сельсовет; Анюйский сельсовет переименован в Арсеньевский, а Раздольненский - в Лидогинский. В 1968 году образованы Нижнеманоминский и Маякский сельсовет, упразднён Курунский сельсовет. В 1975 году был упразднён Славянский сельсовет, образован Нюринский сельсовет. В 1976 году упразднён Нюринский сельсовет. В 1977 году Болоньский сельсовет был передан в Амурский район. В 1982 году Верхненергенский сельсовет был переименован в Малмыжский, а Гассинский - в Дубовомысский. В 1989 году Малмыжский сельсовет был переименован в Верхненергенский. В 1991-92 годах сельские и поселковые советы были преобразованы в сельские и поселковые администрации. В 1992 году рабочий посёлок Иннокентьевка был преобразован в сельский населённый пункт, образован Иннокентьевский сельсовет. В 1994 году рабочий посёлок Троицкое был преобразован в сельский населённый пункт, образован Троицкий сельсовет. В 2004 году был установлен перечень сельских поселений Нанайского района: Арсеньевское, Верхняя Манома, Верхненергенкое, Дада, Джари, Джонка, Дубовомысское, Иннокентьевка, Лидогинское, Маяк, Найхинское, Нижняя Манома, Синдинское, Троицкое.