Административным центром Пинежского района является село Карпогоры.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: с. Веркола, д. Кеврола, сп. Пинежское, д. Нюхча, д. Чакола.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. В 1616 году из Двинской земли выделился Кеврольский уезд (центр - Кеврола). В 1780 году, на его месте создан Пинежский уезд с центром в городе Пинега, просуществовавший до 1927 года. В 1929 году из части упразднённого Архангельского уезда в Архангельском округе Северного края были образованы административно-территориальные единицы "Пинежский район" и "Карпогорский район". В состав Пинежского района с центром в Пинеге вошли территории Пинежской волости и Карьепольского и Совпольского сельсоветов. Всего в районе насчитывалось 16 сельсоветов: Вальтегорский, Вижевский, Волдокурский, Высокогорский, Вонгский, Завражский, Карьепольский, Кулойский, Леуновский, Пильегорский, Совпольский, Сояльский, Труфаногорский, Усть-Починский, Чакольский, Юрольский. В 1945 году Карьепольский и Совпольский сельсоветы были переданы из Пинежского района в состав Мезенского района. 17 июня 1954 сельсоветы Труфаногорский и Усть-Починский были объединены в Труфаногорский, Вижевский и Пильегорский - в Пильегорский сельсовет, Вонгский и Юрольский - в Юрольский сельсовет. 5 января 1959 сельсоветы Высокогорский и Чакольский сельсоветы были объединены в Чакольский, Вальтегорский и Труфаногорский - в Труфаногорский сельсовет, Волдокурский и Завражский - в Завражский сельсовет. 11 сентября 1959 года путём слияния административно-территориальных единиц "Пинежский район" и "Карпогорский район" была создана административно-территориальная единица "Пинежский район" с центром в селе Карпогоры. В 1960 году сельсоветы Кротовский и Покшеньгский были объединены в Покшеньгский сельсовет, а Кулойский и Пинежский - в Пинежский сельсовет. 1 сентября 1963 года Пинежский район был преобразован в Пинежский сельский район с центром в селе Карпогоры. В состав района вошёл рабочий посёлок Пинега и 14 сельских советов: Ваймужский, Веркольский, Кеврольский, Карпогорский, Кушкопальский, Нюхченский, Лавельский, Покшеньгский, Сулецкий, Сурский, Труфаногорский, Шотогорский, Чакольский, и Юрольский. 12 января 1965 года Пинежский сельский район был упразднён и вновь образован Пинежский район с центром в Карпогорах. 5 октября 1966 Сулецкий сельсовет был переименован в Сосновский. На 1 января 1992 года действовало 17 сельсоветов: Веркольский, Карпогорский, Кеврольский, Кушкопальский, Лавельский, Междуреченский (образован в 1984 году), Нюхченский, Пинежский, Покшеньгский, Сийский, Сосновский, Сурский, Труфаногорский, Шилегский, Чакольский, Шотогорский и Юрольский. В 2004-2006 годах (в ходе административно-территориальной реформы) на территории административно-территориальной единицы "Пинежский район" было образовано муниципальное образовани "Пинежский муниципальный район". В Пинежский район как административно-территориальную единицу области входят 17 сельсоветов: Карпогорский, Веркольский,Лавельский, Кеврольский, Кушкопальский, Междуреченский, Нюхченский; Покшеньгский, Сийский, Сосновский, Сурский, Шилегский, Пинежский, Труфаногорский и Юрольский, Чакольский и Шотогорский. В Пинежский муниципальный район при образовании входили 15 муниципальных образований со статусом сельских поселений: Карпогорское, Веркольское, Лавельское, Кеврольское, Кушкопальское, Междуреченское, Нюхченское, Пинежское, Пиринемское, Покшеньгское, Сийское, Сосновское, Сурское, Труфаногорское, Шилегское. 1 июня 2016 года законом Архангельской области от 25 марта 2016 года №408-24-ОЗ, территория упразднённого муниципального образования (сельского поселения) Труфаногорское была объединена с Пинежским муниципальным образованием (сельским поселением) с административным центром в посёлке Пинега. Решением Архангельской области от 7 июня 2023 года муниципальное образование "Пинежский муниципальный район" и муниципальные образования (сельские поселения) в его составе упразднены и преобразованы в муниципальное образование "Пинежский муниципальный округ".