Административным центром Мезенского района является город Мезень.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: д. Азаполье, с. Долгощелье, с. Дорогорское, д. Инцы, п. Каменка, д. Кимжа, д. Погорелец, с. Ручьи, с. Целегора.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Мезенский район (как административно-территориальная единица) образован в июле 1929 года в составе Северного края РСФСР. Постановлением президиума ВЦИК от 10.02.1934 года к Ненецкому округу был причислен Несский сельсовет Мезенского района. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Мезенский район" было создано муниципальное образование (муниципальный район) "Мезенский район" и в составе муниципального района 14 муниципальных образований (2 городских и 12 сельских поселений). Законом Архангельской области от 26 октября 2015 года муниципальные образования (сельские поселения) "Мосеевское" и "Сафоновское" были упразднены и включены в муниципальное образование (сельское поселение) "Быченское" с административным центром в деревне Бычье. Законом Архангельской области от 26 апреля 2021 года муниципальные образования (сельские поселения) "Жердское" и "Козьмогородское" были объединены в в муниципальное образование (сельское поселение) "Зареченское" с административным центром в деревне Козьмогородское. В 2022 году муниципальное образование (муниципальный район) "Мезенский район" и входящие в него муниципальные образования (городкие и сельские поселения) были упразднены и преобразованы (путём объединения) в муниципальное образование (муниципальный округ) "Мезенский муниципальный округ". При этом административно-территориальная единица "Мезенский район" продолжает существовать. В 2026 году в районе упразднены населённые пункты: посёлки Кепино и Коршаково, Маяк Вороновский.