Деревня Верховье входит в состав муниципального образования "Лидское сельское поселение" Бокситогорского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Деревня Верховье впервые упоминается под 1792 годом на карте Новгородского наместничества Вильбрехта. В источниках также упоминается как Верьхховье. В конце XIX - начале XX века деревня административно относилась к Верховско-Вольской волости 1-го земского участка 3-го стана Устюженского уезда Новгородской губернии. С 1917 по 1927 год деревня входила в состав Советской волости Устюженского уезда Череповецкой губернии. С 1927 года в составе Потокского сельсовета Ефимовского района. По данным 1933 года деревня Верховье входила в состав Потокского сельсовета Ефимовского района. По данным 1936 года деревня Верховье была административным центром Потокского сельсовета, в который входили 15 населённых пунктов. С 1965 года в составе Бокситогорского района. По данным 1966 и 1973 годов деревня Верховье также входила в состав Потокского сельсовета. По данным 1990 года деревня Верховье входила в состав Подборовского сельсовета. 1 января 2006 года в соответствии с областным законом №78-оз от 26 октября 2004 года «Об установлении границ и наделении соответствующим статусом муниципального образования Бокситогорский муниципальный район и муниципальных образований в его составе» деревня Верховье вошла в состав муниципального образования "Подборовское сельское поселение" Бокситогорского муниципального района. В соответствии с законом Ленинградской области от 2 июня 2014 года №27-оз "Подборовское сельское поселение" было упразднено и деревня Верховье вошла в состав муниципального образования "Лидское сельское поселение" Бокситогорского муниципального района.