Административным центром Карачаевского района (кабард.-черк. Къэрэшей район, карач.-балк. Къарачай район, абаз. Къарча район) является город Карачаевск, в состав района не входящий.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. В результате упразднения Карачаевской автономной области в 1943 году два района упраздняемой области (Микояновский и Учкуланский), приблизительно соответствовавшие нынешнему Карачаевскому району, были переданы в состав Грузинской ССР, где образовали Клухорский район. Указом президиума верховного совета СССР от 14 марта 1955 года район возвращён РСФСР и вошёл в состав Ставропольского края. После создания в 1957 году Карачаево-Черкесии под именем Карачаевский район вошёл в состав этой автономной области.