Город Николаевск-на-Амуре является административным центром муниципального образования (городское поселение) "город Николаевск-на-Амуре" и Николаевского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 1 августа 1850 года российским мореплавателем Геннадием Невельским в ходе Амурской экспедиции 1849-1855 годов в устье Амура, было основано военно-административное поселение Николаевский пост. Первое население поста состояло из шести человек. Якутская изба-ураса стала первым строением в будущем городе. 14 ноября 1856 года на месте Николаевского поста основан город Николаевск. Также в Восточно-Сибирской губернии создана Приморская область со столицей в Николаевске. К тому времени Николаевск стал крупнейшим портом Дальнего Востока России. 24 февраля 1858 года Николаевск становится областным городом. Появляется завод по ремонту и сборке кораблей. По Амуру начинают ходить пароходы с коммерческими рейсами, в город также приходят торговые корабли из-за рубежа. В 1870 году из Николаевска во Владивосток переносится главный порт России на Дальнем Востоке, после чего в Николаевске начинается упадок. 28 апреля 1880 года столица Приморской области переезжает из Николаевска южнее, в Хабаровку. На конец 80-х годов XIX века приходится открытие золотых месторождений. Город постепенно становится центром дальневосточных золотодобытчиков. В 1890 году в Николаевске останавливается А. П. Чехов, следующий проездом на Сахалин. В главе книги «Остров Сахалин» писатель отмечает мрачную атмосферу некогда успешного города. Добыча золота постепенно привлекает переселенцев, что приводит к росту числа жителей. В 1896-1899 годах в Николаевске начинается подъём рыбной промышленности. Возрождается кораблестроение; также создаются предприятия по изготовлению бочкотары, лесопереработке и т.п. Город становится вторым по значимости дальневосточным портом. Вскоре Николаевск в очередной раз становится областным городом - на этот раз, центром Сахалинской области. В 1918 году начинается японская интервенция. Затем, в 1920 году, в результате действий отряда красных партизан под командованием Якова Тряпицина, город был почти полностью уничтожен. В последовавших пожарах сгорело около двух тысяч зданий (т.н. Николаевский инцидент). В 1920-1922 годах Николаевск находится в составе Дальневосточной республики и является столицей Сахалинской области. В 1922 году город освобождён от японских интервентов, установлена советская власть. Николаевск назначен центром Удско-Кербинского уезда Приморской губернии Дальневосточной области. 15 марта 1926 года утверждено новое название города — «Николаевск-на-Амуре», он становится центром Николаевского округа Приморской губернии Дальневосточного края. При советской власти в городе снова начинает активно развиваться рыбная промышленность. В 1920-х годах в районе осуществляется треть всей дальневосточной рыбодобычи. В 1934 году город назначен центром Нижне-Амурской области. В 1942 году снова запускаются действующие судоремонтный завод и судоверфь. Одним из райцентров Хабаровского края город становится в 1956 году. В 1960 году открыт судостроительный завод. В 1985 год начинает работу Нижнеамурский горно-обогатительный комбинат. В 2001 году было создано муниципальное образование "город Николаевск-на-Амуре и Николаевский район". В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) муниципальное образование "город Николаевск-на-Амуре и Николаевскмй район" было упразднено и преобразовано в муниципальные образования: (муниципальный район) "Николаевский район" и (городское поселение) "город Николаевск-на-Амуре" в составе муниципального района.