Село Нелькан является административным центром муниципального образования (сельское поселение) "Нельканское" Аяно-Майского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Село Нелькан расположено возле устья реки Чуя, впадающей в реку Мая. Название «Нелькан» имеет эвенкийские корни - «нель» означает стрелка или место от слияния двух рек, суффикс «кан» означает, «тот, кто здесь живёт», то есть принадлежность к данной местности. Есть точное подтверждение, когда и кем было основано урочище Нелькан. В 1816 году в Якутии случилась страшнейшая эпидемия сибирской язвы. Якуты лишились почти всех лошадей, прекратился подвоз продовольствия в отдалённые районы и начались массовые голодовки кочующих тунгусов. В этот период было принято решение об открытии повсеместно хлебозапасных магазинов, чтобы оказать поддержку местному населению в условиях кризиса. 1 августа 1818 года сделана первая запись об открытии хлебозапасного магазина в урочище Нелькан. С тех пор ни на один день жизнь в этом селении не прекращалась. Суть хлебозапасного магазина не менялась вплоть до 1848 года, когда он перешёл в ведение Российско-Американской компании и вплоть до 1867 года магазин принадлежал компании. В 1851 году Амгино-Аянский тракт становится казённым почтовым, а Нелькан - одной из его станций. То есть статус Нелькана определяется как государственный и забота о его жизнедеятельности должна лечь на плечи чиновников. Чиновники же переложили эти заботы на плечи притрактового населения. Первыми переселенцами стали крестьяне-старообрядцы из Забайкалья. С приходом советской власти в Нелькане началось период значительной политической нестабильности - во-первых, Нелькан относился с 1914 года к Якутской области, Якутскому уезду, впоследствии к Якутской АССР. В 1920 году Нелькан отделился из состава Алдано-Майского улуса и как самостоятельный улус остался в составе Якутской АССР. В 1922 году была образована Дальневосточная область (ДВО), Якутская АССР туда не вошла, при этом порт Аян был отнесён к территории ДВО и входил в Камчатскую губернию. 10 декабря 1930 года был образован Аяно-Майский район в составе национального Охотского Эвенского округа Дальневосточного края, Нелькан вошёл в состав национального округа в Аяно-Майский район, но как административно-территориальная единица относился до 1932 года к Якутской АССР. Статус и границы муниципального образования (сельского поселения) "Нельканское" установлены законом Хабаровского края от 28 июля 2004 года №208 «О наделении посёлковых, сельских муниципальных образований статусом городского, сельского поселения и об установлении их границ».