Дата принятия: Флаг города Белебея утверждён решением совета городского поселения город Белебей республики Башкортостан от 17 ноября 2006 года №83.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №3244.
Описание: «Прямоугольное полотнище красного цвета с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба города Белебея в красном, чёрном, белом и жёлтом цветах».
Обоснование символики: В красном поле два положенных крестообразно чёрных, оправленных золотом колчана с серебряными стрелами – эта композиция герба отражает исторические, культурные и национальные особенности и традиции города. По данным Российского государственного исторического архива (Ф. 1343. Оп. 15. Д. 238. Л. 15–15 об.), это означает, что «здешние жители не раз привлекались в виде иррегулярной кавалерии к военной службе, особенно для походов в Пруссию и другие страны…», а также «сих мест жители сие орудие с похвалой употреблять умели». За заслуги перед Отечеством Екатерина II одарила 8 июня 1782 года город Белебей собственным гербом. Колчаны со стрелами остались и на современном гербе, олицетворяя историческую связь времён. Более чем двухвековая история города свидетельствует о беззаветной любви белебеевцев к своему городу, об их гордости за героическое прошлое. Награждение города в 1981 году орденом "Знак Почёта" явилось признанием заслуг жителей Белебея перед Отечеством как на полях сражений, так и в мирное время.
Источники. Сайт "Государственного Собрания - Курултая республики Башкортостан".