Дата принятия: Флаг Баймакского района утверждён решением совета муниципального района Баймакский район республики Башкортостан от 18 июля 2006 года №69.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №3198.
Описание: «Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх горизонтальных полос: верхней жёлтого цвета шириной 1/4 ширины полотнища, средней зелёного цвета шириной 1/2 ширины полотнища и нижней красного цвета; в центре зелёной полосы идущий к древку и обернувшийся конь белого цвета с гривой, хвостом и глазами жёлтого цвета».
Обоснование символики: Каждый камень, каждая пядь земли баймакской хранит в себе огромную историческую память о событиях разных времён становления башкирского народа. Она помнит первую юрту, которую поставил вольный башкир-кочевник. Всего здесь было вдоволь: скот тучнел на глазах, а богатств, дарованных этому благодатному краю, меньше не становилось. Так и осели здесь былые кочевники, навсегда полюбив эти места. Символом исторической памяти, связующей эпохи и поколения, является в гербе зелёная юрта - цвета жизни, изобилия, покоя и мира. На фоне юрты серебряный с золотой гривой и бьющий золотым копытом конь - символ башкирского воина, участвовавшего со своим верным спутником в боях за свободу своего народа, своей Отчизны, устремления народа в будущее, его могущество, трудолюбие и верность своему долгу. Много народных песен о спутнике башкира сложено на баймакской земле. В них говорится о теплых чувствах южного башкира к коню. И сегодня радуют глаза табуны лошадей, несущихся по бескрайним степям Зауралья. Величественно смотрятся кони зимой, кочующие в тибеневках у подножья Ирандыка. У входа в башкирскую юрту всегда стоял сосуд с кумысом, стояли деревянные чаши-пиалы для угощения гостей кумысом. Такая утварь была символом гостеприимства башкир. И сегодня славится баймакский кумыс из кобыльего молока. Целебную силу ему придает степной ковыль. Чаши кумыса в гербе символизируют дружелюбие, гостеприимство народа, а также то, что район славится целебным кумысом - символом здоровья, силы и долголетия. Три символа башкирского народа, объединённые в едином плане - юрта, лошадь, пиалы - означают главную ценность для каждого человека: семью, родной очаг, малую родину, Отчизну. Глубоко затрагивают нежные струны человеческой души мелодии курая. Через курай башкир изливал свою душу, восславлял своих батыров, тосковал по родной стороне. Мелодия курая, прозвучавшая с горы Тугажман, в исполнении пешего Махмуда, оказалась долговечной. Курай увековечен баймакским художником М. Байрамгуловым на этой вершине горы как памятник. Это единственный памятник кураю в мире, что было отмечено ЮНЕСКО. Поэтому на вершине юрты изображено соцветие курая - символ единства семи башкирских родов и народов, населяющих край. Снаружи юрта украшена национальным орнаментом "кускар" в знак богатства, достатка и процветания через основное занятие жителей района - земледелие. Золотое поле щита герба - символ золотых бескрайних хлебных полей баймакской земли.
Автор: Салават Гилязетдинов.
Источники. Сайт "Государственного собрания - Курултая республики Башкортостан".